在赛尔号的宇宙中，令人心生恐惧的寂灭魔神即将重现人间。据悉，深海霸主终于苏醒，从他灭绝某个星球开始，他的毁灭之旅即将开启。赛尔号的勇士们将面临比以往更强大的敌人，他们能否守住自己的家园，打败这个最终Boss，让赛尔号重回安宁呢？
据赛尔号某位高级官员透露，深海霸主的实力比以往的敌人都要超出很多倍，赛尔号的勇士们需要联手合作，才有可能打败他。这次出击，他们将启动一项新的计划——“集合赛尔号”的最终计划，通过这个计划，将所有能够为战斗做出贡献的赛尔号物种集合起来，统一进行指挥与部署，最大限度地发挥每个物种的实力。